상호작용 상대방을 고려한 단백질-결합 RNA 염기 예측 기법

Title
상호작용 상대방을 고려한 단백질-결합 RNA 염기 예측 기법
Other Titles
Prediction of Protein-binding RNA Nucleotides Considering Interaction Partners
Authors
한경숙
Keywords
단백질-RNA 상호작용, 결합 부위, 단백질-결합 염기, 결합 성향, protein-RNA interactions, binding sites, protein-binding nucleotides, interaction propensity
Issue Date
2013
Publisher
정보과학회논문지 : 컴퓨팅의 실제 및 레터
Series/Report no.
정보과학회논문지 : 컴퓨팅의 실제 및 레터; 제19권 제5호 pp 229~234
Abstract
최근 단백질-RNA 복합체의 구조가 많이 알려짐에 따라 단백질에서의 RNA-결합부위를 예측 하는 연구가 수행되었으나, 단백질과 상호작용하는 상대방 RNA를 전혀 고려하지 않기 때문에 상호작용하 는 RNA가 달라져도 주어진 단백질에 대하여 항상 동일한 결합부위를 예측하는 단점이 있다. 한편, 단백 질 서열에서의 RNA-결합부위 예측 연구와 달리, RNA 서열에서의 단백질-결합부위 예측 연구는 거의 수 행되지 않았다. 본 논문은 RNA와 단백질 정보를 모두 사용하여, 단백질과 결합하는 RNA 염기를 예측하 는 기법과 초기 결과를 논한다. support vector machine (SVM)을 이용하여 예측 모델을 개발하였고 RNA 서열의 전체적인 특징, 개별적인 염기의 특징, 염기 triplet과 아미노산의 결합 성향, 결합 상대방인 단백질의 특성 등을 특징 벡터에 표현하였다. SVM 예측모델을 3,149개 RNA-단백질 서열 쌍에 시험한 결과, 92.2% 민감도, 77.8% 특이도, 85.0% 정확도를 보였다.
URI
http://dspace.inha.ac.kr/handle/10505/32621
ISSN
1229-7712
Appears in Collections:
College of Engineering(공과대학) > Computer Engineering (컴퓨터공학) > Local Access Journal Papers, Reports(컴퓨터정보공학 논문, 보고서)

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